综合疾病临床表现、流行病学特点，形成病因假设，对可能的病原做出预判，优先考虑对最有可能的一种或几种病原进行实验室验证。尽可能选择敏感性和特异性好、简单、快速、易于观察结果的方法。检测流程要统筹优化，提高效率。

（一）病因线索指向明确疫情标本的检测

对病因线索指向明确的疫情标本，多采用传统的传染病快速识别与诊断方法进行检测。检测策略主要是：

1.病原体直接检测 如人感染猪链球菌病，对患者血液或脑脊液推片染色直接镜检，阳性标本可见中性粒细胞内吞噬颗粒，细胞外偶尔可见革兰阳性链球菌；麻疹患者咽拭子涂片镜检，发现多核巨细胞有助于早期诊断；鼠疫、霍乱病例标本可以采用胶体金试纸条现场快速检测。

2.核酸检测 分子生物学方法快速检测病原体特异性基因，如肠出血性大肠杆菌O157：H7特异基因及毒力基因，肠道病毒EV71或CA16型特异性基因，猪链球菌种特异性基因16S rDNA、猪链球菌2型和1/2型特异的荚膜多糖基因(cps2j)、毒力因子溶菌酶释放蛋白基因(mrp)和细胞外蛋白因子基因(ef)等，均可以对病原体进行快速筛查和确认。

3. 免疫学检测 免疫学方法检测样本病原体的抗原或抗体，如ELISA法检测流行性乙型脑炎IgM抗体、麻疹IgM抗体等，可以早期快速诊断。

4. 病原体分离培养 用特异敏感的选择性/鉴别培养基或敏感细胞进行细菌或病毒的分离培养。如采用免疫磁珠捕获样本中的肠出血性大肠杆菌O157：H7，再用科马嘉(Chromagar)鉴别培养基进行分离；疑似腺病毒感染的临床标本接种Hep-2细胞，可以观察到明显的腺病毒致细胞病变，有助于疫情判断。

（二）基于症候群的病原学检测

对于缺乏明确病因线索的疫情标本，采用基于症候群的病原体快速筛查方法，开展病原学检测与鉴定。各症候群主要病原体及需要采集的标示本见表1

表1 引起各类临床症候群的主要病原体

（三）不明原因疾病病原学筛查与确认

病因线索缺乏明确指向且基于症候群的病原学检测无明确结果，考虑进行病原分商或采用测序方法进行病因探索。

经典的病原分离方法依然是发现病原的有效手段。将标本接种不同选择性培养基和鉴别培养基，通过镜检、生化反应和血清分型等技术，可以发现特殊性状的病原菌；标本接种不同种类的细胞、鸡胚或动物等，对盲传得到的培养物进一步鉴定和分析。

测序得到的序列信息与GeneBank数据库进行比对，对提示信息进一步实验验证。有许多不明原因疾病的病原体，如SARS、MERS-CoV、SFTSV、新的杆状病毒(BASV)等，均是通过测序技术发现和确认的新病原体。基于高通量测序技术，江苏省疾病预防控制中心在省出入境检疫局送检的一例发热患者样本中发现一种新型环状单链DNA病毒。

（四）流程

应急检测流程见图1

图1 应急检测流程