初步提出病因假设为传染性疾病时，可进一步按照肠道传染病、呼吸道传染病、虫媒及人畜共患病、血源及性传播传染病分类，查找病因来源，确定病原微生物。

分离到的病原微生物是否是导致本次疾病流行的病原，应遵循传染病病因确定的Henle-Koch原则：①在相应疾病患者中总能检出该病原体(必要病因)；②在其他疾病的患者中不能检出该病原体(充分病因)；③从疾病患者体内分离到该病原体，在适当培养基中培养后，人为地将其引入正常动物宿主体内，疾病可被再现，病原体可从新宿主体内重新获得；④能从患该疾病的动物中分离到相同病原体。

但是在实际工作中，只要能满足以下条件基本可以确定病因：①从一定量的病人中分离到该种病原体；②大多数病人感染发病后能产生针对该病原的抗体；③用该病原体作为病因能较好的解释大部分病例的临床表现和该起事件的流行病学特点。

(一)肠道传染病

肠道传染病的病因调查需要流行病学调查和实验室病原学检测相结合(图1)。

图1 肠道传染病的病因分析路径

（二）呼吸道传染病

呼吸道传染病病因调查需要流行病学调查和实验室病原学检测相结合(图2)。

图2 呼吸道传染病的病因分析路径

三）虫媒传染病

虫媒传染病的病因分析关键是通过流行病学调查和虫媒病因检测（图3) 。

初步判定为传染病突发事件后后，仍需要深入调查和进一步查明病因。

图3 虫媒传染病的病因分析路径